Há alguma legislação sobre o aproveitamento mínimo para disciplinas ser maior ou igual a 50% (ou outro valor) ou isso depende do regimento da instituição de ensino? O mesmo vale para universidades públicas?

A Resolução 12/84 do Conselho Federal de Educação determina que a transferência de alunos de instituições de ensino superior nacionais ou estrangeiras para estabelecimentos vinculados ao Sistema Federal de Ensino — universidades ou escolas isoladas — obedecerá aos critérios estabelecidos na Resolução.
As transferências são as de um para outro estabelecimento, para prosseguimento dos estudos do mesmo curso. As matérias componentes do currículo mínimo de qualquer curso superior, estudadas com aproveitamento em instituição autorizada, serão automaticamente reconhecidas pela escola que receber o aluno, atribuindo-se- lhe créditos, notas, conceitos e carga horária obtidas no estabelecimento de  procedência.
Tendo reconhecido a disciplina cursada implicará a dispensa de qualquer adaptação e da suplementação de carga horária. Porém, a instituição para a qual o aluno se transferir exigirá dele, para integralização do currículo pleno, o cumprimento regular das demais disciplinas e da carga horária total.
O cumprimento de carga horária adicional, em termos globais, será exigido para efeito de integralização curricular, em função do total de horas obrigatório à expedição do diploma no estabelecimento que  receber o aluno.
Nas matérias não cursadas integralmente, o estabelecimento de destino poderá exigir adaptação.
Apesar da resolução cada estabelecimento fixa normas específicas que disciplinem a concessão e o recebimento das transferências, ajustadas à  Resolução.
Com isso, verifica-se que a instituição deve fazer estudo da carga horária da disciplina cursada fazendo seu aproveitamento no total de sua carga horária, mas poderá pelo estudo do curricular das matérias que foram cursadas em determinada disciplina exigir adaptação.